生物医药产业学院在江苏海洋大学党委领导下，按照“管委会领导下的院长负责制”架构起政校企多元化的管理体系，设有管理委员会，成员来自高校、政府、合作企业。管委会主任由江苏海洋大学校长担任，副主任由企业选派高级主管担任。管委会是产业学院的最高领导机构，负责学院改革发展方向、人权、事权、财权重大事项决策，建设科学高效、保障有力的制度体系。

院长全面负责产业学院的组建及日常运营管理，下设药物研发中心、教育培训中心：药物研发中心负责生物医药关键技术研发和成果转化；教育培训中心负责生物医药专业人才培养，设“专业教学指导委员会”和“教育教学管理委员会”。党委书记负责学院党组织建设工作。