学生工作纷繁冗杂，涵盖奖、贷、困、补、学风建设、就业创业、学生活动、思想教育、心理健康教育等各个方面。药学院以守底线夯基础强特色为主线开展工作，坚守安全生命线、夯实基础工作线、增强特色专业线，学生工作成效显著，居于学校前列。

2019-2020学年学院早锻炼打卡及格率95%以上，上课出勤率99%以上，学院旷课逃课现象大幅度降低，大一参加晚自修率持在100%，学风建设考评全校第一。2019年毕业生就业率97.26%，近两年考研录取率分别达到26%、28%，涌现出多个考研宿舍、考研先进班级，获评考研工作先进单位。创新创业氛围浓厚，2020年申报大创项目32项，参与人数171人。指导学生获得第六届全国医药院校药学/中药学专业大学生实验技能竞赛三等奖、江苏省“挑战杯”大赛三等奖、连云港市“创青春”创业大赛三等奖。药剂161班、药剂172班多次获评江苏省省级进班集体、连云港市五四红旗团支部、校五四红旗团支部等荣誉称号。学生工作特色鲜明，获暑期社会实践省级优秀实践团队、省级优秀志愿者、校优秀媒体、2019年校辩论赛亚军，学生活动开展多次被新华网、交汇点新闻、江苏省红十字会、苍梧晚报、连云港日报等主流媒体报道。